分子动力学(Molecular Dynamics，MD) 模拟是一套结合物理，数学和化学的综合分子模拟方法，该方法主要是依靠牛顿力学来模拟分子体系的运动，在由分子体系的不同状态构成的系综中抽取样本，计算体系的热力学量和其他宏观性质。引入量子力学方法后，可将研究领域进一步扩展到反应机理的研究。分子动力学法是一种计算机模拟实验方法，是研究凝聚态系统的有力工具。通过分子动力学模拟，研究者得到体系原子的运动轨迹，可观察到原子运动过程的各种微观细节。通过对研究体系的动态模拟，我们能够在分子水平上理解生物大分子的运动与生物功能，蛋白-小分子之间相互作用机理纳米材料分子的自组装过程。分子动力学模拟是理论计算和实验方法的有力补充，广泛应用于物理，化学，材料科学，生物医药等科学和技术领域.
适合的研究方向包括但不限于: 生物，生化，医药，医学，药物，高分子，食品，材料，环境等
可以计算的体系包括但不限于: 生物体系，蛋白质，核酸，多肤，药物分子，聚合物，小分子等
常用软件: Gromacs，Lammps，Amber， Autodock，MS，DS，Desmond，AlphaFold， RosettaFold等
可以计算的内容包括但不限于:
1、蛋白三维模型搭建，如同源建模、从头建模等
2、分子对接，如蛋白质-小分子、核酸-小分子、小分子-小分子、蛋白-蛋白、蛋白-多肤、蛋白-核酸等
3、生物三维结构分析，如蛋白在不同pH、温度、电场下的三维结构变化等
4、动力学研究，如生物体系的弱相互作用分析、受体-配体组装过程、结合自由能分析、材料体系的高分子构象预测、材料与溶液界面性质、粗粒化模拟等
5、动力学后数据分析，如回旋半径(RMSF) 、径分布函数(RDF)、扩散系数、RMSD、各种能量分析、氢键教量分析、亲疏水性分析等
6、药物相关模拟，如药物衍生物库设计、虚拟筛选、成药性预测、毒性分析、QSAR预测模型构建等